随着成本稳步下降，二代测序 NGS变逐渐增多，但如果经常使用，它仍然是一种成本昂贵的工具。其实在实验室中，掌控好以下几个环节也是可以节省 NGS 的总体成本的。这里提供一些关于降低二代测序 -NGS成本的方法可供参考。
1. 样品质量控制
样本的质量直接关乎到二代测成本，质量较差的样本，会间接增加测序步骤和处理时间。所以，降低成本的简单方法之一就是从样品提取开始，通过部署于样品类型和目标核酸的样品纯化方法，来确保用于下游分析的核酸纯度和产量。NGS文库制备过程中发生的酶促反应对所用样品的数量和质量较敏感。因此，量化样本（通过 qPCR、荧光定量或核酸电泳等方法量化样本是一个重要步骤，尤其是对于具有挑战性的样本，例如固定组织、污染或低丰度样本。
2. 选择正确的文库制备方法
罗氏认为，为预期的下游测序应用选择正确的文库制备方法也是降低 二代测序NGS 成本的主要措施。例如，如果测序目的只是筛选变异基因，那么只需要选择对目标基因组编码区域进行富集和测序，需要测序样本总量也较少，从而允许每个用于测序运行的流动槽内获得较多的样品，这样可以提升生成的数据质量由此节约总体成本。 通过反复试验发现这种策略比全基因组测序成本低，因为全基因组测序需要对每个样本进行复杂的测序。另外文库制备工具包也可以帮助您降低成本。选择一种快速、可靠的文库制备方法来制备类似样品类型将减少手动操作时间以及重复失败样品的需要，如果采用了合适的方法，就可以空出人员和实验室设备来执行其它复杂的 NGS 。在这个过程中可以使用一些试剂盒以到无 PCR 版本无需文库扩增，这样可以节省较多时间。
3. NGS样本 QC，文库 QC 和文库池
样本 QC，文库 QC 和文库池是额外的重要措施，如果实施得当，也可以帮助降低 NGS 成本。但是，样本库的不正确汇集可能会产生每个样本的序列读取覆盖率可变（不平衡）的测序运行，需要在分析过程中对读取进行生物信息下采样并浪费测序读取，因此，QC 措施有助于确保您对质量较高的文库进行测序，从而降低 NGS 成本。降低二代测序 -NGS成本的方法上面提到的使用 qPCR、荧光法或电泳方法对NGS 文库进行量化是汇集和测序之前的关键步骤，在这一步准确控制文库的数量将对测序覆盖深度、样品均匀性和流动池聚类产生积极影响。
4. 了解测序质量指标
通过了解测序质量和数据分析的指标来优化您的 NGS 工作流程，这有助于提高数据质量。糟糕的测序质量指标将减少测序运行的整体可用数据，这意味着需要额外进行成本昂贵的测序，所以，了解数据分析指标有助于研究人员确定实验试剂和工作流程，以生成较高质量的数据来回馈实验。
5. 不要过度排序或排序不足
从每次测序读取中获取尽可能多的信息还可以通过避免对您的文库进行过度或不足测序来降低成本。过度测序会导致明显的不必要的浪费。
6.使用多路复用和自动化
尽可能多路复用 NGS 样本是也是节约二代测序NGS的方法之一。这可能需要对索引方案进行一些协调，使用自动化测序的实验室设备有助于消减人工成本及人为错误，虽然购买和优化这样一个系统的前期成本较高，但如果可以容忍费用，那么随着时间的推移，节省的时间、增加的可重复性将抵消初始成本。
7.定期评估工作流程、实验试剂和NGS技术
定期重新评估工作流程、试剂和技术也可以节省时间和金钱。您的实验室的样品通量可能会随着时间的推移而增加，一些新型的文库定量试剂盒可以提升 NGS 文库制备效率。比如：tiangen系列的TIANSeq 文库定量试剂盒，适用于illumina平台的NR102-TIANSeq快速 RNA文库构建试剂盒等。
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