替代分析方法，包括基于高效液相色谱的方法，已经越来越受欢迎，尤其是 DNA 突变分析。传统上用于蛋白质分析的质谱方法，例如基质辅助激光解吸/电离 (MALDI-TOF)，由于其速度快且可靠性不断提高，也越来越多地用于核酸分析。小样本量最大限度地减少了样本和试剂的消耗，并且由计算机控制的装置允许在很短的时间内捕获数据。此外，专用分光光度计（例如 ThermoFisher Scientific NanoDrop 系统）可以在有限的样品量下快速提供核酸浓度。替代分析方法，包括基于高效液相色谱的方法，已经越来越受欢迎，尤其是 DNA 突变分析。传统上用于蛋白质分析的质谱方法，例如基质辅助激光解吸/电离 (MALDI-TOF)，由于其速度快且可靠性不断提高，也越来越多地用于核酸分析。允许在很短的时间内捕获数据。此外，专用分光光度计（例如 ThermoFisher Scientific NanoDrop 系统）可以在有限的样品量下快速提供核酸浓度。
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单细胞 DNA 分析也是近年来许多研究的焦点。荧光激活细胞分选（FACS）、激光捕获显微切割（LCM）和微流体分析等技术极大地提高了这些细胞的分析能力。最近已经采用了许多商业方法，一个例子是 10x Genomics 开发的工艺。这使得一种有趣且新颖的自动化过程成为可能，称为 10x Chromium，可以使用 Illumina HiSeq 系统通过测序来制备、条形码化和分析来自数千个细胞的核酸，以进行单细胞基因表达谱和表征（参见第 1.8.6 节）。诸如此类的新流程提供了有效的方法来对健康和患病状态下的细胞和组织进行有效的进一步分析。
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